Исправлено в 1.1.0.0.
Теперь, если деплоер видит, что пользователь добавил файл с remote path = "classes\", remote name = "classes.dex" и он активен, то деплой стандартного classes.dex отключится автоматом. Тоже самое справедливо и для обратной ситуации: если пользовательский classes.dex отключен или отсутствует, то деплой стандартного classes.dex включится автоматом.